Возник в 1372 году. Согласно легенде, основан монахиней по имени Пень, которая увидела плывущий по реке Меконг ствол дерева лумбанг, в ветвях которого что-то блестело. Оказалось, что это 4 бронзовые статуи Будды и одна каменная. Статуи, возможно, были смыты из одного из лаосских храмов.

При содействии Пень рядом с её домом был насыпан большой холм (пном), и установлен алтарь, на котором были размещены изваяния. Впоследствии на этом месте возник монастырь Ват Пном. Пном (Дон) Пень по-кхмерски обозначает холм (матушки) Пень.

Пномпень прежде был известен под названием Кронг Тьактомук (кхмер. ក្រុងចតុម្មុខ) — «Город на слиянии четырёх рек». Дело в том, что город расположен на слиянии рек Меконг, Бассак и Тонлесап, которые образуют букву «X».

История
Впервые столицей город стал в 1431 году, когда правивший в то время король Понъя Ят, бежавший от тайского разгрома, перенёс столицу из Ангкор-Тхома. В ступе на Ват Пноме хранятся останки Понъя Ята и королевской семьи.

Пномпень оставался королевской столицей в течение 73 лет с 1432 по 1505 год. Затем он был покинут последующими королями на 360 лет из-за борьбы за престол. Столица несколько раз перемещалась и находилась то в Срей Сантхор, то в Поусате, то в Ловеке, то в Удонге.

Только в 1866 году, в правление короля Нородома I Пномпень стал постоянным местом нахождения правительства и столицей Камбоджи, а также тем местом, в котором был построен Королевский дворец. Начиная с 1870-х годов, французские колониальные власти превратили деревушку на реке в город, в котором они построили гостиницы, школы, тюрьмы, бараки, банки, конторы, телеграф, суды и больницы. В 1872 году современный город впервые обрел форму, когда французы заключили контракт с подрядчиком Le Faucheur на постройку 300 каменных домов для продажи и сдачи в аренду китайским торговцам. Всем известно здание Пса Тхмей (Нового рынка), построенное французами.

К 1920-м годам Пномпень был известен уже как «Азиатская жемчужина», и в последующие сорок лет продолжал быстро развиваться, особенно с постройкой железной дороги до Сиануквиля и международного аэропорта Почентонг. В правление Сианука инфраструктура Пномпеня претерпела основательную модернизацию.

Во время Вьетнамской войны территория Камбоджи использовалась для баз северовьетнамской армии и Вьетконга, и тысячи беженцев хлынули в город со всей страны, спасаясь от боевых действий между правительственными войсками, северовьетнамской армией, войсками Южного Вьетнама и их союзниками, и красными кхмерами. К 1975 году население города было уже около 3 миллионов, большинство из которых были беженцы[3]. Красные кхмеры взяли город 17 апреля 1975 года. Большинство жителей было эвакуировано в трудовые лагеря в сельской местности[4]. Высшая школа Туол Сленг была превращена полпотовцами в тюрьму S-21. Пол Пот хотел вернуть страну к аграрной экономике и его машина устраняла «лишних» людей — политических противников, нац. меньшинства, буддистских монахов и просто образованных людей. Много людей умерло от голода в результате провала экономической модели аграрного общества, — Камбоджа продавала рис Китаю в обмен на оружие. Тюрьма S-21 теперь Музей геноцида Туол Сленг, где экспонируются орудия пыток полпотовцев и фотографии их жертв. Жертв убивали на полях смерти в Ченгъэк в 15 км от Пномпеня и закапывали их во рвах. Теперь это место тоже является мемориалом жертвам режима.

7 января 1979 года вьетнамская армия выбила красных кхмеров из Пномпеня, и люди стали возвращаться в город. Исторически у Камбоджи было много конфликтов с Вьетнамом, поэтому факт освобождения страны вьетнамцами вызывает смешанные эмоции у камбоджийцев. Начался период восстановления, правительство привлекало иностранные инвестиции и помощь, в первую очередь таких стран как Франция, Австралия и Япония. На займы Азиатского банка развития и Всемирного банка было восстановлено водоснабжение, дороги и другая инфраструктура. Перепись 1998 года насчитала 862 000 жителей в Пномпене, в 2008 году в городе уже насчитывалось 1,3 миллиона человек.